Questions UE1 2015-2016

[cloclo170]

Bonsoir! j'ai quelques petites questions au sujet du cours de biochimie, si une bonne âme pouvait éclairer ma lanterne...
Alors voilà, nous avons vu en chimie organiques que la conformation bateau d'un cycle était moins stable qu'une conformation chaise.. Mais dans son bouquin, Moussard nous affirme l'inverse (p55).. Quelqu'un aurait-il une explication à me donner...?
Et deuxième question, il nous dit que les sphingomyélines sont les composant principale avec les glycérophospholipides des membranes, ce que nous avons vu en UE2.. Mais la sphingomyéline ne possède qu'une seule chaine d'acide gras dans son schéma, alors que nous avons vu que les composant lipidiques de la membrane en avait deux, qu'ils soient formés de glycérol ou de sphingosine...
Merci d'avance pour la réponse! 

[colineverte]

Même si ce n'est pas écrit dans le Moussard, il l'avait énoncé à l'oral.
La réponse est simple: qui dit polaire dit liaison hydrogène, de la même façon que tu rattaches "ionisable" à liaison ionisable.

Voila 

Merci beaucoup! 

[Apoum]

Bonjour,
Je recherche une partie du diapo de Moussard d'il y a une ou deux semaines, lorsqu'on faisait le chapitre de coenzymes, il a passé une image sur la stéréochimie (qui ressemblait à une page de son bouquin mais qui n'est pas dans le bouquin..) est-ce que quelqu'un aurait pris cette photo ?
Merci beaucoup 

[Chloé P]

j'ai une question à propos de la glycolyse, faut il savoir reconnaître les étapes à partir de deux molécules sans noms (je sais pas vraiment si vous voyez ce que je veux dire)
Ou connaître les étapes (réactifs, produits,enzyme, réversible...) ça suffit ?

[Cloch]

Hello tout le monde! En révisant ma chimie orga je me suis rendu compte que je ne savais pas ce que voulais dire les alpha et beta dans les noms des molécules. Par exemple dans une des condensation de Claisen le produit est une Beta dicétone, et je ne vois pas du tout comment on peut le deviner 

Merci beaucoup d'avance!!!   

[Chloé P]

Voilà apoum

[Microoobe]

Coucou!

Alors petite question ce soir, un peu bête mais bon.. est ce que la liaison hydrogène fais partie des liaisons de VDW ?
 

[Apoum]

Merci Baymax !

[Microoobe]

Encore une petite.. Dans la Loi le châtelier il est dit que toute variation d'une de ces grandeurs entraine le déplacement de l'équilibre dans un sens qui s'oppose à la variation imposée.

Ex : 2SO2(g) + O2 (g) <--> 2SO3 (g)

On fait augmenter la pression, du coup on doit déplacer l'équilibre pour la pression diminue. Dans le cours on a écrit sens Gauche à Droite , mais je comprends pas la demarche à suivre

[Marcoo]

Bonsooooooir !

Alors j'ai une petite question sur les cours du Pr. Cypriani :
si je prends l'exemple de la phosphorylation du glucose en G6P, on voit sur la représentation du G6P l'apparition du phosphate. Sauf que le groupe ajouté sur le 6ème carbone est écrit PO₃^{- -}. Pourquoi ce n'est pas juste un simple P et qu'est ce que représente ce O₃^{- -} ?

Merci d'avance 

[Ion Ion]

Bonjour tout le monde !

Pour Cloch : dans une molécule alpha, bêta, gamma... représente la position des constituants les uns par rapport aux autres. Pour la bêta dicétone, on comprend bien qu'il y a deux fonctions cétones dans la molécule. On doit donc avoir dans la molécule une première fonction cétone et pour déterminer la position de la deuxième on va nommer les carbones de la molécule. Du coup celui juste à coté du C portant la première cétone sera appelé alpha, celui d'à coté bêta... et ainsi de suite dans l'ordre de l'alphabet grec. Une bêta dicétone signifie donc qu'on aura deux fonctions cétones séparées par un carbone car la deuxième fonction sera sur le deuxième carbone après celui qui porte la première cétone, j'espère que tu as compris ? 

Pour microoobe : non la liaison hydrogène ne fait pas partie des liaisons de VDW, pour bien comprendre reprends ton cours de physique et tu verras bien qu'on a seulement trois sortes de liaisons de VDW (Keesom, Debye et London) 
Et pour la loi de Le Chatelier on prend en compte le nombre de molécule car plus on aura de molécules plus la pression sera importante, du coup on favorise le sens gauche vers droite car il permet d'abaisser le nombre de molécule présentes (3 molécules à gauche contre deux à droite) Bien sur on n'oublie pas de prendre en compte l'état de produits et réactifs mais ici nous n'avons que des gaz donc aucun soucis 

Et pour Marco : PO3-- est simplement la formule du phosphate. Tu as le P qui est lié par une double liaison à un O et par deux liaisons simples à deux O- d'où le O3--

Voilà quelques réponses provisoires en attendant la réponse des tuteurs bien sûr

Maintenant à moi de poser ma question    Pour le tuto d'UE1 de cette semaine, je ne comprends pas pourquoi (dans la question 13 B) la liaison hydrogène serait dirigées du coté N terminale. Pour moi, une protéine se lisant dans le sens N vers C, la liaison hydrogène se ferait donc en direction de C terminale.
Merci d'avance 

[Charluuuutte]

Bonjour, j'ai une petite question par rapport au cours sur la glycolyse du Pr Cypriani :
Pourquoi reste t-il une charge négative sur le O du O-C=O dans la molécule de 3 phsophoglycérate après la réaction de phosphoglycérate kinase ? 

Merci d'avaaaaance 

[Roub]

j'ai une question à propos de la glycolyse, faut il savoir reconnaître les étapes à partir de deux molécules sans noms (je sais pas vraiment si vous voyez ce que je veux dire)
Ou connaître les étapes (réactifs, produits,enzyme, réversible...) ça suffit ?

Bonjour !
Pour la glycolyse, je te conseille d'apprendre les noms ! Dans une proposition il est possible qu'il y ait des noms, il faut du coup que tu saches à quelle molécule et quelle réaction ca se réfère. Ensuite les enzymes sont bien sur à connaitre, les réactions sur le bout des doigts. Il faut aussi que tu saches si on a besoin d'ATP, si ca en produit, combien ...etc.

Hello tout le monde! En révisant ma chimie orga je me suis rendu compte que je ne savais pas ce que voulais dire les alpha et beta dans les noms des molécules. Par exemple dans une des condensation de Claisen le produit est une Beta dicétone, et je ne vois pas du tout comment on peut le deviner 

Merci beaucoup d'avance!!!   

Pour la B dicétone: c'est une molécule qui porte deux fonctions cétones. On dit Beta car la deuxième fonction se trouve en beta de la première. Je m'explique : Tu as ta première cétone qui est portée par un carbone. Ce carbone est lié à un autre carbone qui est appelé alpha. (si la deuxieme fonction cetone etait porté par ce carbone alpha, on aurait une alpha dicétone) . Ce carbone alpha est lié encore à un autre carbone qui est dit en beta de la première fonction cétone. Comme la deuxième fonction est portée par le carbone en beta, on dit beta dicétone. Compris ? C'est pas très bien expliqué j'avoue ...
Regarde cette image : http://www.google.fr/imgres?imgurl=https%3A%2F%2Fupload.wikimedia.org%2Fwikipedia%2Fcommons%2Fthumb%2Fd%2Fd0%2FAlpha_and_beta_positions_of_benzylacetone-structure.svg%2F220px-Alpha_and_beta_positions_of_benzylacetone-structure.svg.png&imgrefurl=https%3A%2F%2Ffr.wikipedia.org%2Fwiki%2FCarbone_alpha&h=141&w=220&tbnid=FH9N7MhMFtiGBM%3A&docid=iojqmrOsXKiOFM&ei=r9EgVqijLobwaqn_jFg&tbm=isch&iact=rc&uact=3&dur=638&page=1&start=0&ndsp=15&ved=0CCEQrQMwAGoVChMI6LbAvOTGyAIVBrgaCh2pPwML
La fonction cétone est portée par un carbone. Le carbone qui est directement lié à ce carbone est dit en position alpha et le carbone encore après qui est lié au carbone en alpha est dit en position beta. Dans ton exemple, la deuxième fonction cétone est portée par le carbone en beta de la première.
N'hésité pas à me redire si tu n'as pas compris, c'est très important de comprendre ca !

Coucou!

Alors petite question ce soir, un peu bête mais bon.. est ce que la liaison hydrogène fais partie des liaisons de VDW ?
 

Alors non pas vraiment, Les interactions de Van der Waals sont des interactions entre dipôles électriques. Quant aux liaisons hydrogènes, elles s'établissent entre un atome d'hydrogène lié à un atome très électronégatif (oxygène, azote ou fluor) et un autre atome d'azote, d'oxygène ou de fluor. Les liaisons hydrogènes sont d'ailleurs bien plus fortes.

Encore une petite.. Dans la Loi le châtelier il est dit que toute variation d'une de ces grandeurs entraine le déplacement de l'équilibre dans un sens qui s'oppose à la variation imposée.

Ex : 2SO2(g) + O2 (g) <--> 2SO3 (g)

On fait augmenter la pression, du coup on doit déplacer l'équilibre pour la pression diminue. Dans le cours on a écrit sens Gauche à Droite , mais je comprends pas la demarche à suivre

Il faut que tu formes le moins de molécules possibles pour que ta pression diminue. Si tu vas de droite à gauche, tu en formes 3 et si tu vas de gauche à droite, tu en formes deux, donc la pression pour diminuer pour contrecarrer à l'augmentation initiale.

Bonsooooooir !

Alors j'ai une petite question sur les cours du Pr. Cypriani :
si je prends l'exemple de la phosphorylation du glucose en G6P, on voit sur la représentation du G6P l'apparition du phosphate. Sauf que le groupe ajouté sur le 6ème carbone est écrit PO₃^{- -}. Pourquoi ce n'est pas juste un simple P et qu'est ce que représente ce O₃^{- -} ?

Merci d'avance 

Même si c'est les liaisons phosphates qui seront interessantes d'un point de vue énergétique, c'est un groupement phosphate qui s'ajoute sur ton glucose pour le transformer en G6P. Ces 3 oxygènes font en fait partie du groupement phosphate servant à phosphoryler ton glucose via l'héxokinase. On n'ajoute pas juste un P, mais un groupement phosphate quand on phosphoryle.

Bonjour, j'ai une petite question par rapport au cours sur la glycolyse du Pr Cypriani :
Pourquoi reste t-il une charge négative sur le O du O-C=O dans la molécule de 3 phsophoglycérate après la réaction de phosphoglycérate kinase ? 

Merci d'avaaaaance 

Il manque une liaison à ton oxygène. Le carbone peut se lier à 4 atomes. Dans ta molécule, il se lie donc deux fois au premier oxygène par une double liaison, une fois à un carbone et seulement une fois au deuxième oxygène. Ce dernier doit faire deux liaisons pour devenir stable en saturant sa couche de Valence. Le signe moins symbolise qu'il lui manque une liaison. Il était lié au phosphate. Ce dernier est parti, donc enlève une liaison à l'oxygène.

[azerty]

Bonjour,

   J'ai une petit question concernant la glycolyse. J'ai cru comprendre que toutes les kinases ont besoin de Mg2+ pour fonctionner, mais dans la dernière étape de la glycolyse, l'enzyme pyruvate kinase n'en aurait pas besoin d'après la planche de M Cypriani. Est-ce un oubli ou cette enzyme est une exception et n'a réellement pas besoin de Mg2+ ?

Merci

[Roub]

Bonjour tout le monde !

Pour Cloch : dans une molécule alpha, bêta, gamma... représente la position des constituants les uns par rapport aux autres. Pour la bêta dicétone, on comprend bien qu'il y a deux fonctions cétones dans la molécule. On doit donc avoir dans la molécule une première fonction cétone et pour déterminer la position de la deuxième on va nommer les carbones de la molécule. Du coup celui juste à coté du C portant la première cétone sera appelé alpha, celui d'à coté bêta... et ainsi de suite dans l'ordre de l'alphabet grec. Une bêta dicétone signifie donc qu'on aura deux fonctions cétones séparées par un carbone car la deuxième fonction sera sur le deuxième carbone après celui qui porte la première cétone, j'espère que tu as compris ? 

Pour microoobe : non la liaison hydrogène ne fait pas partie des liaisons de VDW, pour bien comprendre reprends ton cours de physique et tu verras bien qu'on a seulement trois sortes de liaisons de VDW (Keesom, Debye et London) 
Et pour la loi de Le Chatelier on prend en compte le nombre de molécule car plus on aura de molécules plus la pression sera importante, du coup on favorise le sens gauche vers droite car il permet d'abaisser le nombre de molécule présentes (3 molécules à gauche contre deux à droite) Bien sur on n'oublie pas de prendre en compte l'état de produits et réactifs mais ici nous n'avons que des gaz donc aucun soucis 

Et pour Marco : PO3-- est simplement la formule du phosphate. Tu as le P qui est lié par une double liaison à un O et par deux liaisons simples à deux O- d'où le O3--

Voilà quelques réponses provisoires en attendant la réponse des tuteurs bien sûr

Maintenant à moi de poser ma question    Pour le tuto d'UE1 de cette semaine, je ne comprends pas pourquoi (dans la question 13 B) la liaison hydrogène serait dirigées du coté N terminale. Pour moi, une protéine se lisant dans le sens N vers C, la liaison hydrogène se ferait donc en direction de C terminale.
Merci d'avance 

Dans le livre c’est écrit dans l’autre sens : le O du –CO de la n ème liaison avec le H du –NH de la (n+3)ème liaison en direction de l’extrémité C terminale. Comme on change de direction, cela inverse tout. Ca va ? Sinon n'hésite pas à redemander des explications !

[Roub]

Bonjour,

   J'ai une petit question concernant la glycolyse. J'ai cru comprendre que toutes les kinases ont besoin de Mg2+ pour fonctionner, mais dans la dernière étape de la glycolyse, l'enzyme pyruvate kinase n'en aurait pas besoin d'après la planche de M Cypriani. Est-ce un oubli ou cette enzyme est une exception et n'a réellement pas besoin de Mg2+ ?

Merci

En effet, le professeur Moussard dit que toutes les kinases ont besoin de Mg2+ pour fonctionner et effectivement, il n'yen a pas dans la planche de M Cypriani. Je pense que ce n'est pas un oubli, mais qu'il n'y en a pas besoin car cette réaction catalysée par la pyruvate kinase, n'a pas d'activité kinase dans le sens de la glycolyse. Cette enzyme se nomme pyruvate kinase car elle a été découverte in vitro comme ayant une activité kinase, c'est à dire phosphorylant. Cependant, dans les conditions intracellulaires, la réaction de la planche de biochimie se produit en sens inverse, donc produit de l'ATP. Je pense qu'il n'y a pas de Mg2+ de précisé simplement parce que dans ce sens, la pyruvate kinase n'a pas d'activité kinase.

[Ma']

Hello !! 
Voila ce que j'ai compris sur la régulation du fructose 2,6- bisphosphate par le glucagon :
Lorsque la concentration du glucose est faible la Phosphofructokinase 2 se phosphoryle en Fructose bisphosphatase pour transformer le fructose 2,6 bisphosphate en fructose 6 phosphate.Comme le fructose 2,6 bisphophate est activateur de l'activité de la phosphofructokinase 1 cela permet de limiter la glycolyse.
C'est juste ?

[Marcoo]

Bonjour !

Encore (et toujours) la glycolyse.
Dans la partie sur la régulation de la PFK1 au niveau du foie, j'ai noté que le glucagon stimule l'activité phosphatase(par phosphorylation) et l'insuline l'activité kinase (par déphosphorylation).

Dans le paragraphe suivant (régulation de la pyruvate kinase) encore et toujours au niveau du foie d'après le schéma, j'ai noté que la kinase était stimulée cette fois ci par le glucagon, et que la phosphatase était stimulée par l'insuline..

Pourquoi cette inversion ? Dans la partie sur la PFK1, on nous a dit que entre le foie et le muscle la réaction était inversée, mais la on a bien deux fois dans le foie, et j'ai beau chercher je n'arrive pas trop à comprendre....

Merci beaucoup d'avance 

[PiouPiouu]

Bonjour, en reprenant les cours du professeur Moussard, j'ai relevé un petit soucis de compréhension.

Pour la classification des A.A selon les groupements sur la chaine latérale, on a pu voir que glutamine et asparagine sont polaires mais non ionisables. Tous les deux portent un groupement NH2.

Ensuite, on voit que tous les A.A sont amphotères car ils possèdent 2 groupement ionisables: NH2 et COOH. Si NH2 est un groupement ionisable, pourquoi ces deux amides ne seraient-ils pas ionisables ?

[azerty]

Merci beaucoup,

Mais j'ai une autre question, je n'ai pas très bien compris la régulation de la glucokinase. J'ai compris ca mais je suis vraiment loin d'être sur de mon coup:
    La glucokinase n'a pas une forte affinité avec le glucose (Km=10mM), elle ne fonctionne donc que lorsque celui-ci est abondant dans le cytoplasme (lors d'une hyperglycémie par exemple). Du coup lorsque celui-ci n'est pas abondant la glucokinase ne fonctionne pas car elle est rendue inactive par la GKRP qui vient se fixer dessus et l'emporte dans le noyau. Puis quand la glycémie augmente, c'est-à-dire que la concentration de glucose augmente dans le cytoplasme, la GKRP change de conformation ce qui libère la glucokinase qui retourne alors dans le cytoplasme et transforme le glucose en G6P.
   Donc la glucokinase n'est absolument par sensible à la concentration de G6P mais à celle du glucose qui ci celle-ci est faible rend la glucokinase inactive et si celle-ci est forte la rend active pour ainsi réguler en quelque sorte glycémie. Mais c'est pareil, je ne suis pas sur que l'on puisse dire que la glucokinase régule indirectement la glycémie

Est-ce que j'ai bien compris?

Merci beaucoup, bonne soirée