Questions UE1 - 2016/2017

[claklou]

Bonjour, je suis un peu perdu en ce qui concerne les cours de M. CYPRYANI
En fait, il n'est pas très clair au sujet de ce qu'il faut apprendre ou non. Faut-il tout apprendre avec tout les déroulés de la réaction du genre "libération de l'acétyl coA en présence d'eau puis condensation d'un dicarboxylique" etc
Ou faut-il apprendre "juste" les enzymes avec les réactions qu'elles catalysent, bien entendu les composés qu'il spécifie d'apprendre, si la réaction est réversible/irréversible et si elle est endergonique ou non, et savoir le bilan.
Je ne sais pas si je dois appendre les détails des réactions en fait

Pouvez vous me renseigner? Merci d'avaaaannnce

Coucou !

Alors c'est vrai que j'aime pas trop ce genre de questions (mais je me posais les mêmes ^^) car j'ai peur de te dire de ne pas apprendre quelques choses qui tombera 
Alors je pense que il faut mieux faire ce que tu as dit en deuxième car ce n'est pas de l'Ue2 non plus, faut bien apprendre et surtout COMPRENDRE les réactions, (à la limite si c'est une decarboxylation, une hydratation...) et savoir les réactifs, les produits, les enzymes, réversible/irréversible, endergonique ou non, la régulation....bref ça reste des Qcms et Pr Cypriani ne cherchera pas la petite bête non plus (quand on est à la place du prof, on a toujours des remords à poser des questions trop sadiques !!  )
Donc voilà, je ne suis pas sûre que je t'ai beaucoup aidé mais les annales du tuto sont représentatives (en tout cas je n'avais pas eu de mauvaises surprises aux partiels perso...)

Couraaaaaaaaaage !!

[Kess]

Hello! J'ai une question sur le cours de Moussard, le catabolisme de l'azote aminé, plus précisément le cycle glucose-alanine :) Pourquoi le malate intervient-il dans la glycolyse, au niveau du PEP? (voir la photo :)) Mercii! :)

[ppopy]

Bonsoir! J'aurais une petite question sur le métabolisme du glycogène et surtout sur la régulation!
Voilà, je ne comprend pas très bien l'action de la phosphorylase kinase sur la glycogenolyse et la glycogenogenese! Je comprend comment elle devient active mais je comprend pas ce qu'elle fait sur le métabolisme, comment elle régule tout ça!
Merci d'avance!!!🤓

[PiouPiouu]

Bonsoir! J'aurais une petite question sur le métabolisme du glycogène et surtout sur la régulation!
Voilà, je ne comprend pas très bien l'action de la phosphorylase kinase sur la glycogenolyse et la glycogenogenese! Je comprend comment elle devient active mais je comprend pas ce qu'elle fait sur le métabolisme, comment elle régule tout ça!
Merci d'avance!!!🤓

Salut ppopy ! 
En attendant qu'un tuteur te répondes, voilà ce que moi j'ai compris :
La phosphorylase kinase régule ta glycogene phosphorylase qui est impliquée dans la glycogenolyse. Il y a un emboîtement : il faut que ta phosphorylase kinase soit active pour pouvoir phosphoryler la glycogene phosphorylase et la rendre ainsi active et donc au bout de la chaîne, permettre la dégradation de ton glycogene. Voilà pour le lien général 


Sinon j'ai également une question sur la régulation :
Je ne comprends pas la régulation faite par le G6P pour la glycogene synthase. Pourquoi cette régulation concerne la forme B alors qu'elle est majoritairement inactive ?

Merci d'avance !     

[kedked]

Salut ppopy ! 
En attendant qu'un tuteur te répondes, voilà ce que moi j'ai compris :
La phosphorylase kinase régule ta glycogene phosphorylase qui est impliquée dans la glycogenolyse. Il y a un emboîtement : il faut que ta phosphorylase kinase soit active pour pouvoir phosphoryler la glycogene phosphorylase et la rendre ainsi active et donc au bout de la chaîne, permettre la dégradation de ton glycogene. Voilà pour le lien général 


Sinon j'ai également une question sur la régulation :
Je ne comprends pas la régulation faite par le G6P pour la glycogene synthase. Pourquoi cette régulation concerne la forme B alors qu'elle est majoritairement inactive ?

Merci d'avance !     

Salut !! Pour répondre à ta question, le G6P, s'il est présent en excès, va avoir tendance à être stocké. La forme A étant majoritairement active, il va aller activer la forme B, qui est majoritairement inactive, afin d'avoir plus de chance d'être stocké sous forme de glycogène 

(Si tu veux savoir c'est un peu la même chose pour la glucose phosphorylase, si tu as trop de glucose dans le foie, la forme A de cette enzyme qui provoque la glycogénolyse va être rendue peu active pour éviter une trop forte glycémie dans le foie)

En espérant t'avoir éclairé

[julio]

Bonjour! J'ai une petite question sur le métabolisme du glycogène, dans mon cours c'est écrit que la phosphorylase kinase est activée par le calcium, et que cette stimulation est réversible. Alors que sur le schéma de Cypri il y a qu'une simple flèche donc je sais pas si quelqu'un a la même chose que moi ou si c'est irréversible, merci!

[Babar55]

Bonjour !

Je suis quelque peu gênée par le fait qu'on ait pas la même version dans les tuto et dans les ed, je m'explique: dans le dernier ed que j'ai eu en UE 1, avec Mme Lascombes, elle nous a dit que l'uracile n'était pas présent uniquement dans l'ARN. Pourtant, dans la 5e séance de tuto, la phrase " l'uracile est une base pyrimidique, présente uniquement dans l'ARN" est vraie...

Ca me turlupine un peu.. On adhère à quelle version ?? :)

[incognito]

Babar25 je suis d'accord avec toi, j'ai été très étonnée par la réponse en ED car il est écrit à la page 250 du moussard que l'uracile n'est bien présent que dans les ARN...

[Agate]

Bonjour! J'ai une petite question sur le métabolisme du glycogène, dans mon cours c'est écrit que la phosphorylase kinase est activée par le calcium, et que cette stimulation est réversible. Alors que sur le schéma de Cypri il y a qu'une simple flèche donc je sais pas si quelqu'un a la même chose que moi ou si c'est irréversible, merci!

Bonjour Julio !
Alors, l'activation par le calcium de la phosphorylase kinase est bien réversible, puisque celui ci peut se détacher de l'enzyme.
La flèche ne va que dans u sens car elle représente l'influx nerveux responsable de la fixation du calcium, qui ne se fait donc que dans un sens. Le calcium se détache seul de l'enzyme (pas de stimulation nerveuse) d'où l'absence de double flèche !

Voilà, j'espère que ça répond à ta question 

[Agate]

Hello! J'ai une question sur le cours de Moussard, le catabolisme de l'azote aminé, plus précisément le cycle glucose-alanine :) Pourquoi le malate intervient-il dans la glycolyse, au niveau du PEP? (voir la photo :)) Mercii! :)

Coucou !

Alors la réponse est toute simple : le malate n'intervient pas vraiment dans la glycolyse, c'est simplement un précurseur du PEP par transamination...Le PEP formé sera transformé en pyruvate (dernière étape de la glycolyse) qui lui pourra entrer dans le cycle alanine glucose !
Il existe donc plusieurs façons d'obtenir du PEP, par la glycolyse, mais aussi à partir du malate :)

Voilà, n'hésites pas si ce n'est pas clair, bon courage ! 

[Agate]

Une petite réponse pour poppy, PiouPiouu et kedked :

Salut ppopy ! 
En attendant qu'un tuteur te répondes, voilà ce que moi j'ai compris :
La phosphorylase kinase régule ta glycogene phosphorylase qui est impliquée dans la glycogenolyse. Il y a un emboîtement : il faut que ta phosphorylase kinase soit active pour pouvoir phosphoryler la glycogene phosphorylase et la rendre ainsi active et donc au bout de la chaîne, permettre la dégradation de ton glycogene. Voilà pour le lien général 

Je confirme la réponse de PiouPiouu  !
La glycogène phosphorylase permettant la synthèse de glycogène est elle même régulée par phosphorylation. Cette phosphorylation est permise par la phosphorylase kinase : quand elle est active, elle va phosphoryler la glycogène phosphorylase qui sera majoritairement sous forme active donc va stocker le glucose sous forme de glycogène. Au contraire, quand la phosphorylase kinase est inactive, elle ne phosphoryle pas la glycogène phosphorylase qui se trouve donc sous forme inactive et ne stocke pas ou peu le glucose sous forme de glycogène ... C'est une régulation de régulation si tu préfères 
C'est à peu près clair ?

Sinon j'ai également une question sur la régulation :
Je ne comprends pas la régulation faite par le G6P pour la glycogene synthase. Pourquoi cette régulation concerne la forme B alors qu'elle est majoritairement inactive ?

Merci d'avance !     

Cette fois ci, je confirme la réponse de kedked 
Généralement, la forme B est inactive. Cependant, si on se retrouve en excès de glucose (ou G6P, comme il est automatiquement phosphorylé en rentrant dans la cellule), les glycogène synthase qui ne seront pas activées par l'insuline (sécrétée en même temps normalement) seront activées par le glucose en excès, pour recruter un maximum d'enzyme et optimiser la mise en réserve énergétique !
J'espère que ça répond à ta question 

[Agate]

Bonjour en revoyant le cours sur les lipides qui date un petit peu, je me suis aperçue que quelque chose m'avait échappé. En effet au début le Pr. Moussard dit qu'il existe des lipides hydrophobes (ne possèdent pas d'atome polarisant). Mais un peu plus loin il dit que les lipides simples sont constitués de carbone, d'hydrogène et d'oxygène....
 

Bonjour !

Effectivement, il existe des lipides totalement hydrophobes comme l'isoprène, et d'autres amphiphiles comme les acides gras.
Les lipides simples contiennent C, H et parfois O (cette précision n'est pas faite dans le lire mais c'est ainsi qu'il faut le comprendre) : ce qui est important, c'est qu'il n'y a rien de plus.
Si tu rajoutes un P, N ou S, alors c'est un lipide complexe :)

Voilà, bon courage ! 

[Agate]

Bonjour, dans le cours de bioénergétique de Cypriani, il nous donne
PDHA <-> Glycéraldéhyde-3-P
avec deltaG0' = 7,53 kJ/mol et K'éq = 0.0475
ensuite il nous donne
PDHA (200microM) <-> Gly-3-P (3microM)
Il dit qu'on a alors deltaG = -2,9 kJ/mol

Or quand je remplace les valeurs avec la relation qui lie deltaG0' et deltaG je ne trouve pas le bon résultat
Et quand je divise mes deux concentrations je ne retombe pas sur la constante d'équilibre donné

Serait-il possible d'avoir le détail du calcul ?

Merci d'avance ! :)

Bonjour !

Alors pour commencer, il est tout à fait normal que tu ne retrouves va K'eq avec les valeurs données puisque ce sont les valeurs physiologiques et que K'eq est calculé avec des valeurs théoriques standards qui ne sont pas détaillées dans le cours :)
Par contre, en recalculant plusieurs fois et avec différentes formules équivalentes, je trouve systématiquement quelque chose de l'ordre de -10,5 kJ/mol et non -2,9 kJ/mol comme j'avais écrit dans mon cours...
Je vais me renseigner auprès du professeur, mais dans tous les cas l'important est d'avoir compris le principe (une réaction spontanée en conditions standards ne l'est pas forcément en réalité et inversement), le Pr Cypriani ne te demandera pas de faire des calculs le jour de l'examen !

Bon courage, je te tiens au courant 

[Antoinea]

Bonjour, j'ai une question les métabolismes en générale..
Dans plusieurs réactions on trouve l'alpha cetoglutarate, et l'acide alpha cétonique, et parfois le prof ne fais pas la différence entre les deux, notamment dans le cycle glucose -alanine
Cypriani note dans son schéma que quand il y'a transformation pyruvate en alanine ça s'accompagne de la transformation d'un acide aminé en acide Alpha cetonique. Alors que dans le moussard on dit qu'il y'a transamination du glutamate en Alpha cetoglutarate
Quelqu'un peut m'expliquer

[nutella18]

Bonjour,
Petite question sur le métabolisme du glycogène.
Je ne comprends pas le bilans de la glycogènolyse.

J'ai marqué que 9 fois sur 10, glycogène (n) + Pi → glycogène (n-1) + G6P (la c'est bon je comprends)
Mais après, 1 fois sur 10 (glycogène (n) → glycognène (n-1) + glucose (et la je comprend pas  )

Je ne comprend également pas pourquoi cela correspond à 0.1 ATP

Merci 

[Agate]

Bonjour, j'ai une question les métabolismes en générale..
Dans plusieurs réactions on trouve l'alpha cetoglutarate, et l'acide alpha cétonique, et parfois le prof ne fais pas la différence entre les deux, notamment dans le cycle glucose -alanine
Cypriani note dans son schéma que quand il y'a transformation pyruvate en alanine ça s'accompagne de la transformation d'un acide aminé en acide Alpha cetonique. Alors que dans le moussard on dit qu'il y'a transamination du glutamate en Alpha cetoglutarate
Quelqu'un peut m'expliquer

Bonjour !

C'est une question pas bête du tout, et heureusement la réponse est simple :) L'acide alpha cétonique, c'est ce que tu obtiens par transamination d'un acide aminé en général. Dans le cas particulier du glutamate, l'acide alpha cétonique que tu obtiens par transamination est l'alpha cétoglutarate...Si tu fais réagir du pyruvate (qui est un acide alpha cétonique !) avec un acide aminé (comme le glutamate), tu obtiens de l'alanine (acide aminé associé au pyruvate par transamination) et un acide alpha cétonique (alpha céto glutarate dans le cas du glutamate !).
C'est tout bon ? 

[Agate]

Bonjour,
Petite question sur le métabolisme du glycogène.
Je ne comprends pas le bilans de la glycogènolyse.

J'ai marqué que 9 fois sur 10, glycogène (n) + Pi → glycogène (n-1) + G6P (la c'est bon je comprends)
Mais après, 1 fois sur 10 (glycogène (n) → glycognène (n-1) + glucose (et la je comprend pas  )

Je ne comprend également pas pourquoi cela correspond à 0.1 ATP

Merci 

Bonjour !

Alors, comme tu l'as compris, la glycogène phosphorylase permet de libérer du glucose 1 P (ensuite isomérisé en G6P) depuis une chaîne linéaire de glycogène, en consommant un Pi mais sans consommer d'énergie, ce qui donne la réaction :

glycogène (n) + Pi → glycogène (n-1) + G1P

Seulement, environ 1 fois sur 10, l'enzyme se confronte à une ramification alpha 1-6...et ne peut pas libérer le glucose. C'est l'enzyme débranchante qui intervient alors, et permet de libérer le glucose non phosphorylé :

glycogène (n) → glycogène (n-1) + Glucose

Seulement, le glucose est automatiquement phosphorylé quand il est dans une cellule pour ne pas en ressortir : cette molécule sera donc phosphorylée, entraînant la consommation d'un ATP.

Au final, si on compte, 9 fois sur 10 le glucose est libéré sans consommation d'énergie, et 1 fois sur 10, cela consomme indirectement 1 ATP...
Soit 1 ATP pour 10 glucoses = 0,1 ATP par glucose !   

C'est plus clair comme ça ? 

[nutella18]

Super ! merci beaucoup 

[Ceecee]

Bonsoir bonsoir ! Quelques petites questions..
Dans le cas d'un spirane, de quel côté (droite ou gauche) regardons nous la molécule (selon les substituants) ? Autre chose, ayant eu quelques soucis j'ai du louper des heures de cours de Moussard, donc je ne sais pas si on a vu le le métabolisme de l'hème et le métabolisme du cholestérol !  Merci beaucoup !!   

[Aulit]

Bonjour !
J'ai une question à propos du cours du Pr Nicod sur la traduction 
J'ai noté que les codons synonymes codent pour un même acide aminé. Jusque là, ça va. Mais après, on nous dit que les codons synonymes sont différents par leur 3e base.
Mais si le codon est différent par une autre base que la 3, est-ce qu'il est considéré "synonyme" des autres ?
Par exemple, un groupe de 4codons CGN sont synonymes pour Arg mais est-ce que les deux autres codons AGA et AGG qui donnent de l'arginine st aussi synonymes ?
Merci d'avance !!