Questions UE1 2015-2016

[azerty]

Bonjour, 

Petite question sur le catabolisme du radical carboné des AA que l'on a fait ce matin avec Moussard. A la page 216, il dit 'le catabolisme du squelette carboné des 19 AA glucoformateurs rejoint des intermédiaires de la glycolyse et du cycle de l'acide citrique. Mais je ne comprends pas pourquoi intermédiaires de la glycolyse, c'est plutôt pour moi des intermédiaires de la néoglucogenèse (il dit en plus 1 page avant que les AA glycoformateur peuvent rejoindre la néoglucogenèse).

Merci

[Pirouette]

Bonjour,

Je n'arrive pas à saisir une notion dans mon cours sur les acides gras, est ce que quelqu'un pourrait m'aider SVP ? :)

J'ai compris que les triglycérides sont la forme de stockage des acides gras (donc qu'ils contribuent à apporter de l'énergie en période de jeûne) et que la synthèse des corps cétoniques est utile afin d'utiliser les acétyl CoA en période de jeûne qui s'accumuleraient...

Mais, les corps cétoniques contribuent aussi à un apport énergétique, non ? S'ils sont synthétisés en période de jeûne, quand est ce qu'ils interviendront ? (puisque normalement l'organisme utilise ces réserves pendant le jeûne...), je n'arrive pas vraiment à saisir la fonction de ces corps cétoniques... 

Merci beaucoup !! :)
Bon WK !!!! :)

[Yumatï]

Bonjour,
J'ai quelques problèmes avec le potentiel de réduction..
Pour la chaine respiratoire le potentiel de réduction des coenzymes il est positif ou négatif?
Et les H+ ils devraient être accepteur d’électron non ? Pourquoi est-ce qu'on les retrouve dans l'espace inter membranaire?
Et un accepteur d’électron il est réduit à la base donc ducoup ce n'est pas un oxydant mais un réducteur ? C'est le Coenzyme qui apporte les électrons qui sont oxydants non ?
Je me mélange un peu je suis désolée, j’espère avoir été claire 
Merci à celui/celle qui m'éclairera :)

[Acétyl]

Bonsoir 

J'ai plusieurs petites questions sur la transcription.

   - Pourquoi dit-on que l'ARN polymérase n'a pas d'activité 3'-5' exonucléasique alors que son rôle est de synthétiser l'ARN dans le sens 5'-3' ?

   - Pourquoi y a t-il marqué que l'ARN n'a pas d'information génétique, alors qu'il doit transmettre l'information génétique porté par l'ADN à la protéine ?

   - A propos de la polyadénylation, je n'ai pas compris pourquoi la séquence concensus AATAAA est portée par le brin sens (donc le non codant).

   - Et je finirais avec la plus embêtante : je n'ai vraiment pas saisi le principe du coiffage, est ce que vous pouvez me re-expliquer ? (non, pitié, pas le fouet  )

Bonne soirée 

#prayforparis

[crocodilebisounours]

Bonsoir les loulous !

Bonjour j'ai une question qui me perturbe, en biochimie métabolique est ce que c'est possible au concours  d'avoir des questions du type "ceci correspond à l'oxaloacetate" par exemple, parce qu'autant apprendre le cours ca va mais les formules...

Alors moi on m'avait dit que oui donc dans le doute je les avais apprises (mais encore une fois ce ne sont que des rumeurs populaires....). Mais après tu peux essayer de les retrouver, si tu connais les réactions et que tu sais ce que font les enzymes, il devient "facile" de deviner la tête des produits (pour le cycle de K par ex).
Donc je ne peux pas te dire de ne pas les apprendre, mais je ne crois pas que ce soit l'essentiel non plus (c'est une opinion personnelle cette fois  )

Bonjour,

J'ai une question concernant le sujet n°6 de l'UE1 question 17. La proposition D est considéré comme vrai alors que dans le Moussard il y a écrit je cite 'Chaque fourche de réplication est donc asymétrique' (p272). Je ne comprends donc pas pourquoi la proposition D est juste.

Merci

Coucou ! Alors je peux me tromper, mais ici le Pr Moussard dit que les deux brins au sein d'une même fourche de réplication ne sont pas les mêmes (ce qui est logique), donc il y a asymétrie, par contre les deux fourches de réplication sont bien symétriques entre elles (tu es d'accord avec moi qu'à la fin des deux brins d'ADN doivent etre les mêmes, donc ça se tient) 

Bonjour, bonjour,
En ce jour meveilleux de REPOS  , je reprends mes cours sur la chaine respiratoire mitochondriale et je ne comprends pas le bilan des différentes voies notemment le fait que 1 NADH permet la formation de 2,5 ATP.

Je ne vois pas comment le NADH qui permet le passage de protons vers l'espace intermembranaire, puisse également donner les 10 protons nécessaires à la formation d'ATP dans la matrice, puisqu'il n'y a qu'un seul proton qui arrive par la phosphate translocase.

Il y a bien 10 protons dans l'espace intermembranaire mais 1 seul dans la matrice dans le schéma donné...

En fait tu es train de mélanger différentes notions là, je vais essayer de clarifier tout ça :
Pour un NAD réduit, on va faire tourner les complexes I (pompage de 4 H+ dans l'espace intermembranaire), du complexe 3 (4 H+ aussi) et le complexe 4 (2H+), ce qui fait que le NAD réduit permet de pomper 10 ATP en tout et pour tout (et c'est ce pompage qui créé un gradient entre l'espace intermembranaire et la matrice qui est le source d'énergie de l'ATP synthase.

 Donc on veut savoir combien ça va nous faire d'ATP au final. On sait qu'il faut 3 H+ pour fabriquer un ATP, seulement voilà, il faut prendre en compte une autre dépense énergétique. Tu es d'accord avec moi que pour fabriquer de l'ATP, il nous faut de l'ADP, mais aussi un Pi à lui ajouter. Or il est nécessaire de faire rentrer ce Pi dans la matrice pour la synthèse, et c'est la phosphatase qui s'en charge. Mais ce n'est pas gratuit puisque que c'est un co-transport aui prend aussi un H+ de l'espace intermemebranaire pour le mettre dans la matrice. Donc ici on a une "perte" d'énergie, puisque que notre gradient H+ est réduit à cause de ce phénomène. Aussi, on peut finalement dire qu'il faut non pas 3 H+ pour faire un ATP, mais 4 !
Or 10/4 = 2,5
Donc avec 10 H+ on fera 2,5 ATP 
C'est plus clair ?

[Ella]

Bonsoir 

J'ai plusieurs petites questions sur la transcription.

   - Pourquoi dit-on que l'ARN polymérase n'a pas d'activité 3'-5' exonucléasique alors que son rôle est de synthétiser l'ARN dans le sens 5'-3' ?

   - Pourquoi y a t-il marqué que l'ARN n'a pas d'information génétique, alors qu'il doit transmettre l'information génétique porté par l'ADN à la protéine ?

   - A propos de la polyadénylation, je n'ai pas compris pourquoi la séquence concensus AATAAA est portée par le brin sens (donc le non codant).

   - Et je finirais avec la plus embêtante : je n'ai vraiment pas saisi le principe du coiffage, est ce que vous pouvez me re-expliquer ? (non, pitié, pas le fouet  )

Bonne soirée 

#prayforparis

Désolée de ne pas répondre aux questions dans l'ordre, je ne fais pas de favoritisme ; mais les autres, ne vous inquiétez pas, votre réponse arrivera, restez patients 

Alors reprenons point par point :
- tu me parles d'une protéine qui n'a pas d'activité 3,5-exonucléase mais pour moi cela concerne l'ADN polymérase alpha qui elle synthétise l'amorce ARN-ADN de chaque brin (p. 281), non ? Sinon redonne-moi la page où tu as vu ça ! :)

- Idem : à quelle page tu as trouvé cette information ? ca sera plus simple pour moi de te répondre  Mais pour le moment, je peux te dire mon avis sur la question. L'ADN est dit "support chimique du génotype cad est porteur de l'information nécessaire à la synthèse des protéines et à la régulation de cette synthèse". L'ARN lui ne correspond par à cette définition car après transcription, il n'est plus que copie, adaptateurs, ou constitutifs des ribosomes (p. 249). Certes il n'est pas dénué d'informations mais il ne porte pas les informations telles quelles, brutes, comme l'ADN dont il est issu. Tu peux simplement considérer qu'il est vecteur de l'information car il permet l'exécution de la synthèse protéique, de l'ADN à la protéine. Ca te va comme explication ?

- Brin sens = brin codant (p. 302), ça répond à ta question du coup ?

- Le coiffage : au bout d'un moment (20 à 30 nucléotides) dans la transcription, il faut protéger le début de notre brin d'ARN ; sinon on avancera, pendant qu'il sera dégradé par le début (extrémité 5'). Pas très utile n'est ce pas ? On va donc lui rajouter un chapeau. Comment ? On enlève le phosphate terminal, on prend un GTP à qui on enlève un groupement pyrophosphate ce qui nous donne un résidu guanylyle. On accroche  notre ARN à notre résidu avec la guanylyltransférase.
La deuxième étape consiste juste à rajouter un méthyle grâce à la méthyltransférase en C7 sur le résidu (7mG).
Ainsi, l'extrémité 5' ne peut plus être attaquée par des exonucléases 5', permet à l'ARMm de sortir du noyau (comme un signal que tout est bon, tout est protégé) et permet d'attacher à l'ARM de s'attacher au ribosome pour la traduction en protéines.
C'est tout simple au final nan?  (hésite pas à aller regarder p. 313 du Moussard hein!)

Redis moi si tout est bon pour toi 

[ophely]

Bonsoir les loulous !

Alors moi on m'avait dit que oui donc dans le doute je les avais apprises (mais encore une fois ce ne sont que des rumeurs populaires....). Mais après tu peux essayer de les retrouver, si tu connais les réactions et que tu sais ce que font les enzymes, il devient "facile" de deviner la tête des produits (pour le cycle de K par ex).
Donc je ne peux pas te dire de ne pas les apprendre, mais je ne crois pas que ce soit l'essentiel non plus (c'est une opinion personnelle cette fois  )

J'apporte mon grain de sel dans l'affaire, nous l'an dernier (et je précise bien que ça a pu changé cette année!) il nous avait demandé de retenir la formule des molécules suivantes : oxaloacétate, alpha-cétoglutarate, succinyl-CoA, succinate, malate 
Dans le doute, apprends quand même (au moins) ceux-là 

[Microoobe]

Coucou!

Alors j'ai deux trois petites questions assez bêtes...mais tant pis !

A propos des Coenzymes, est ce que le transport 2H c'est considérés comme 1 équivalent réducteur ou 2 équivalents réducteurs ?

C'est quoi la différence entre un groupement phosphoryle et un groupement phosphate ? mdr

A propos des glucides " ils sont constitués d'une ou plusieurs unités aldéhydiques ou cétones polyhydroxylées" mais si on dit qu'ils sont juste hydroxylés , est ce que ça revient au même ?

est ce que le lactose peut être produit par le catabolisme digestif de l'amidon? Si oui, pourquoi ?

Voilà, merciiii

[ophely]

Bonjour tout le monde 

Bonjour, 

Petite question sur le catabolisme du radical carboné des AA que l'on a fait ce matin avec Moussard. A la page 216, il dit 'le catabolisme du squelette carboné des 19 AA glucoformateurs rejoint des intermédiaires de la glycolyse et du cycle de l'acide citrique. Mais je ne comprends pas pourquoi intermédiaires de la glycolyse, c'est plutôt pour moi des intermédiaires de la néoglucogenèse (il dit en plus 1 page avant que les AA glycoformateur peuvent rejoindre la néoglucogenèse).

Merci

alors, je suis plutôt ++ d'accord avec toi, puisque le pyruvate est l'une des portes d'entrée de la néoglucogénèse. Mais je pense qu'il veut parler d'intermédiaires indirects de la glycolyse, comme on peut le voir dans le schéma p217 dans lequel le malate issu du fumarate, va réagir avec le PEP pour former, par les différentes étapes de la néoglucogénèse justement, le glucose qui pourra alors s'engager dans la glycolyse... 

J'espère que c'est assez clair, n'hésites pas à le dire s'il faut que je réexplique, mais désolée l'an passé on n'avait pas vu ce cours du même point de vue... Courage 

Coucou!

Alors j'ai deux trois petites questions assez bêtes...mais tant pis !

A propos des Coenzymes, est ce que le transport 2H c'est considérés comme 1 équivalent réducteur ou 2 équivalents réducteurs ?

C'est quoi la différence entre un groupement phosphoryle et un groupement phosphate ? mdr

A propos des glucides " ils sont constitués d'une ou plusieurs unités aldéhydiques ou cétones polyhydroxylées" mais si on dit qu'ils sont juste hydroxylés , est ce que ça revient au même ?

est ce que le lactose peut être produit par le catabolisme digestif de l'amidon? Si oui, pourquoi ?

Voilà, merciiii

aucune question n'est bête! 

On va revoir tes questions point par point :
- Pour moi 1 équivalent réducteur = 1H ou 1H- ou 1électron
Donc 2H = 2 équivalents réducteurs

- Après quelques recherches très intenses (Gogole est ton ami dans ces situations  ) : On parle de groupement phosphate lorsqu'il est lié à une molécule organique et phosphoryle quand le groupement phosphate est transféré d'une molécule à une autre!

- Oui, ça revient au même, au final tu as bien compris que ce sont des unités hydroxylées! Mais on rajoute le préfixe "poly" pour montrer qu'il y a toujours plus de 1 groupement hydroxyle! Ne vous prenez pas tant la tête, ils sont pas si méchants que ça les profs 

- L'amidon étant constitué seulement de glucose, et le lactose nécessitant du glucose ET du galactose, il ne me semble pas que cela soit possible.

Voilà, bon courage pour la suite 

[Microoobe]

D'accooord! merci beaucoup 

[Ma']

Ouiii mercii !!

[Tagadam]

Bonsoir bonsoir, j'ai une petite question sur le cours de Mr. Cypriani sur la néoglucogénèse.. 

C'est au niveau de la sortie de l'oxaloacétate..

- Quand il sort sous forme de malate : ça conversion dans la mitochondrie en malate consomme du NADH et quand il sort de la mitochondrie, il fait sortir du NADH,H+ pour sa reconversion en OA. Donc logiquement, ce mécanisme ne fonctionne que si on a peu de NADH,H+ dans le cytoplasme.

Mon problème est au niveau de la sortie sous forme de PEP..

- Il nous a parler de l'arrivé du lactate lors d'un effort intense en anaérobie.. La conversion du lactate en pyruvate produit du NADH,H+. Et donc selon moi, ce mécanisme peut-être bloquer si il y a trop de NADH,H+ dans le cytoplasme.
Or j'ai écris que cette voie était utilisé quand il y avait beaucoup de NADH,H+ dans le cytoplasme.

Merci d'avance 

[Nawnaw]

Coucou 
Est ce que le glutamate et l'acide glutamique sont les mêmes molécules ?
Par ailleurs, il se trouve que j'ai beaucoup de mal avec les équivalents ATP et le nombre de liaisons riches en énergie ainsi que le NADH..Est ce que ces données changent en fonction des réactions ? Ou en général on dit qu'un ATP correspond à 2 liaisons riches en énergie ? 

[nilrahc]

Salut salut ! 

Je suis un peu perdue par rapport à la succinate DH  :

Dans mon cours sur la CRM j'ai noté que le complexe 2 permet de réduire du FAD en FADH2 et j'ai noté la même chose dans mon cours sur le cycle de Krebs pour l'étape de la succinate DH qui produit du fumarate à partir du succinate.

Le problème c'est que pour moi dans la CRM, le FADH2 va céder ses électrons au complexe 2 ; il serait donc le réducteur et la succinate DH permettrait l'oxydation du FADH2 en FAD 

Y'a t-il un rapport avec le fait que la succinate DH soit réversible et qu'elle puisse donc à la fois réduire du FAD en FADH et oxyder du FADH2 en FAD ?

Merci d'avance pour la réponse 

[PiouPiouu]

Bonsoir! 

Concernant le cours du professeur Nicod sur la traduction, je me pose une petite question de "pratique".
Dans la partie sur les bases flottantes, on a décrit les 3 types d’appariement possibles. Or, juste après, elle nous a donné un tableau avec le cas des bactéries et le cas des eucaryotes.

Je me demandais donc: si on venait à avoir une question dessus au concours, elle préciserait s’il s’agit des eucaryotes? car par exemple, on dit dans le cas général qu’une base U en wobble se lie à A et G, or pour les eucaroytes, on ne peut avoir une base adénine sur le codon liée à un uracile sur l’anticodon.

Voila, j'espère que ma question a été claire. Bon week-end ! 

[ophely]

Salut salut ! 

Je suis un peu perdue par rapport à la succinate DH  :

Dans mon cours sur la CRM j'ai noté que le complexe 2 permet de réduire du FAD en FADH2 et j'ai noté la même chose dans mon cours sur le cycle de Krebs pour l'étape de la succinate DH qui produit du fumarate à partir du succinate.

Le problème c'est que pour moi dans la CRM, le FADH2 va céder ses électrons au complexe 2 ; il serait donc le réducteur et la succinate DH permettrait l'oxydation du FADH2 en FAD 

Y'a t-il un rapport avec le fait que la succinate DH soit réversible et qu'elle puisse donc à la fois réduire du FAD en FADH et oxyder du FADH2 en FAD ?

Merci d'avance pour la réponse 

salut toi ! :)

En fait, dans le cycle de Krebs, la transformation du succinate en fumarate par la succinate DH permet la réduction du  FAD en FADH2. Ce dernier va pouvoir, alors, être utilisé dans le complexe 2 de la CRM dans lequel  il est oxydé en FAD transmettant ainsi 2 équivalents réducteurs à la protéine Fer-soufre.

Donc dans la CRM il y a bien oxydation du FADH2 en FAD.

J'espère avoir répondu à ta question, et que tout ceci est plus clair!

bon courage pour la suite 

Bonsoir! 

Concernant le cours du professeur Nicod sur la traduction, je me pose une petite question de "pratique".
Dans la partie sur les bases flottantes, on a décrit les 3 types d’appariement possibles. Or, juste après, elle nous a donné un tableau avec le cas des bactéries et le cas des eucaryotes.

Je me demandais donc: si on venait à avoir une question dessus au concours, elle préciserait s’il s’agit des eucaryotes? car par exemple, on dit dans le cas général qu’une base U en wobble se lie à A et G, or pour les eucaroytes, on ne peut avoir une base adénine sur le codon liée à un uracile sur l’anticodon.

Voila, j'espère que ma question a été claire. Bon week-end ! 

Saloute :)

Je ne veux pas dire de bêtises, mais pour moi, elle (et les autres profs également) préciserait en effet si elle parle des eucaryotes ou des procaryotes, puisqu'ils nous demandent eux-mêmes de préciser dans nos questions de tutorat quand ils nous les corrigent
Après, logiquement, tu dois quand même pouvoir comprendre et apprendre la différence entre les 2, puisque justement tu viens de m'en donner un exemple 

Bon courage à toi aussi 

Pour les autres questions, j'essaierai d'y répondre demain, à moins que d'autres tuteurs passent par là d'ici là 

[PiouPiouu]

Merci pour ta rapidité Ophely, mais pour le coup la distinction ne concerne même pas eucaryote/procaryote mais plutôt un cas général (qui correspond finalement au cas de la bactérie) au cas plus spécifique des eucaryotes ... Je vais donc tacher de retenir les différences :)

Encore merci !

[PiouPiouu]

Désolée pour ce nouveau post mais j'ai un nouveau petit doute...
Toujours concernant le cours sur la traduction, pour les 3 sites de fixation de l'ARNt, j'ai noté que les 2 premiers sites étaient présents sur les 2 ssu. C'est aussi le cas du troisième non?

[Valp]

Désolée pour ce nouveau post mais j'ai un nouveau petit doute...
Toujours concernant le cours sur la traduction, pour les 3 sites de fixation de l'ARNt, j'ai noté que les 2 premiers sites étaient présents sur les 2 ssu. C'est aussi le cas du troisième non?

Salut !

Oui les 3 sites sont présents sur les sous-unités du ribosome. Sachant que ces 3 sites ne peuvent exister que sur un ribosome fonctionnel c'est à dire constitué de ses deux sous unités. 

[Choou]

Bonsoir !
Quelques petites questions sur le cours des triglycérides 

-Dans mon cours, j'ai noté que pour pour synthétiser les TG, il y a besoin de la glycolyse et de la CRM. Mais le foie peut synthétiser des TG via la glycérol kinase donc il n'a pas besoin de la glycolyse mais que de la CRM pour la production d'ATP (utilisé dans la réaction de la glycérol kinase) non ?
- Où la néoglycérogenèse a-t'elle lieu ? A t'elle lieu dans le foie ? Je dirais que non du coup. Et sur le schéma de la néoglycérogenèse, pour passer de l'oxaloacétate au phosphoénol pyruvate, le prof a écrit que ça se fait par la PEPCKcytoplasmique --> pourquoi ne pourrait-on pas aussi le faire avec la PEPCK mitochondriale ?
 
Merci d'avance