Questions UE1 2015-2016

[Choou]

Bonsoir !
Dans le tutorat d'UE 1 n°5, question 3, proposition A : La glucokinase, la PFK1, la pyruvate kinase et la pyruvate déshydrogénase sont les étapes limitantes de la glycolyse. Elle est considérée comme fausse puisque la pyruvate déshydrogénase n'appartient pas à la glycolyse.
Je suis d'accord.
Par contre pour le muscle, la régulation de la glycolyse se fait apparemment au niveau de PFK1, de pyruvate kinase et de pyruvate déshydrogénase. --> On considère ici que la pyruvate déshydrogénase fait partie de la glycolyse ?
Et pourquoi pas de régulation au niveau de glucokinase dans le muscle ? Est-ce-que c'est parce qu'il n'y a pas de G6P phosphatase et que du coup le Glucose du muscle est automatiquement transformé en G6P ?
Merci d'avance !   

[Ella]

Bonjour,

Je voudrais une confirmation sur le voie de pentoses P, cette voie commence bien dès le G6P et pas à partir du ribulose 5P?

Merci 

Salut salut ! Pour moi, la voie des pentoses phosphate commence bien au G6P oui ! Le but de cette voie est la conversion des hexoses comme le G6P en pentoses, soit le F6P ! 

[crocodilebisounours]

Bonsoir mes loulous !

Bonjour,

Je voudrais une confirmation sur le voie de pentoses P, cette voie commence bien dès le G6P et pas à partir du ribulose 5P?

Merci 

Oui oui pour moi elle commence bien au G6P 

Bonjour,

Cela fais une heure que je tourne la voie des pentoses P dans tous les sens pour trouver la réponse aux bilans que l'on nous a donné dans les intérêts physiologiques et je perds mon temps parce que je n'y arrive pas. 
Je n'arrive pas a comprendre le bilan du mode 1 et je ne comprends pas les modes3 et 4. J'ai l'impression d'avoir tout essayer pour le mode 1 et j pense que je ne suis pas loin mais il me reste un seul F6P.
Avez vous une idée de ce que je peux faire pour comprendre que cela va etre tres compliqué d'expliquer par écrit je pense

Merci beaucoup 

Pour le mode 1 et l'explication du bilan, j'ai déjà tout expliqué en détails dans les post précédents, je t'invite à regarder juste avant   

Pour les autres questions, je regarde ça demain soir si un autre tuteur n'a pas répondu d'ici là.

Bonne soirée les choux 

[Ella]

Salut Salut 

Je galère vraiment sur la biosynthèse des AG, est ce que ce serait possible que qqn me l'explique rapidement ?

Merciii

Alors tout d'abord, la biosynthèse des acides gras commence par la sortie de l'acétate de la mitochondrie (il y est produit grâce au pyruvate ou du squelette des acides aminés). On va donc utiliser la citrate synthase qui transforme l'oxaloacétate en citrate. Une fois dans le cytoplasme, le citrate est transformé en oxaloacétate grâce à la citrate lyase, qui l'hydrolyse avec du CoA et de l'ATP. Tout cela forme la navette du citrate.
L'acétyl CoA produit est carboxylé ensuite par l'acétyl CoA carboxylase pour former du malonyl CoA.
Ensuite l'acide gras synthase, qui sans doute te pose le plus de problème. Elle détient 2 sites de fixation R1 et R2 et 7 sites actifs. Mais on va s'occuper surtout des sites de fixation car en réalité ce sont eux qui portent les molécules qui vont subir des transformations. Au départ, tu as le malonyl sur R1 et l'acétyl sur R2 (arrivés ici grâce à la malonyl et l'acétyl transférase qui enlèvent juste le CoA et fixent sur le site). Je vais t'énoncer les étapes une par une et essaie après de toi même, pour voir si tu as compris de faire un schéma avec mes explications :
- L'enzyme de condensation condense bien sûr le malonyl et l'acétyl en beta acéto acyl ACP en éliminant un CO2. La molécule se retrouve sur le site R1.
- Grâce à du NADPH, la beta acetoacyl ACP réductase va transformer le beta acéto acyl ACP en beta hydroxyacyl ACP toujours sur R1.
- Ce dernier va être transformé en alpha beta hydroacyl ACP avec élimination d'eau grâce à la beta hydroxy acyl ACP déshydratase -toujours sur R1.
- Avec du NADPH encore une fois, la dernière molécule est transformée en acyl ACP grâce à la déhydroacyl ACP réductase (toujours sur R1).
- Ensuite, on va transférer cet acyl du site R1 à R2 grâce à l'acétyl transférase.
- A la place, sur R1 on va mettre un malonyl grâce à la malonyl transférase.
Et on allonge comme ça jusqu'au palmitate qui a 16 carbones, qui nécessite 7 malonyl et un acétyl CoA.

Je t'ai donc expliqué l'essentiel de ce cycle important. Tu as des questions sur le reste de la biosynthèse ? Sur ce que je viens de t'expliquer ?

Bisous biochimiques ! 

[Ella]

Bonsoir !
Dans le tutorat d'UE 1 n°5, question 3, proposition A : La glucokinase, la PFK1, la pyruvate kinase et la pyruvate déshydrogénase sont les étapes limitantes de la glycolyse. Elle est considérée comme fausse puisque la pyruvate déshydrogénase n'appartient pas à la glycolyse.
Je suis d'accord.
Par contre pour le muscle, la régulation de la glycolyse se fait apparemment au niveau de PFK1, de pyruvate kinase et de pyruvate déshydrogénase. --> On considère ici que la pyruvate déshydrogénase fait partie de la glycolyse ?
Et pourquoi pas de régulation au niveau de glucokinase dans le muscle ? Est-ce-que c'est parce qu'il n'y a pas de G6P phosphatase et que du coup le Glucose du muscle est automatiquement transformé en G6P ?
Merci d'avance !   

Encore moi !

Dans mon cours, je n'ai pas noté que dans le muscle, la régulation de la glycolyse se fait au niveau de la pyruvate déshydrogénase. Mais d'après moi, non on ne la considère pas comme partie de la glycolyse. C'est juste que la PDH permet de transformer le pyruvate en acétyl CoA donc elle régule indirectement la glycolyse. Si elle ne fonctionne pas, le pyruvate s'accumulera et ça ralentira forcément la glycolyse. Tu vois ? En tout cas, ne la considère pas comme enzyme de la glycolyse, malgré qu'elle soit fortement liée.

Il n'y a pas de régulation de la glucokinase dans le muscle puisque la glucokinase n'est pas présente tout simplement dans le muscle mais seulement dans le foie, l'hypothalamus, et les cellules beta du pancréas. L'hexokinase néanmoins est présente dans tous les tissus !

Bon courage 

[Microoobe]

Salut Ella !

Déjà merciiiiiiii beaucoup beaucoup beaucoup ! J'ai compris les grandes lignes, mais m'en veux pas hein, mais je comprends pas pourquoi on utilise 7 malonylCoa et 1 Acetyl Coa ?
Parce que après la réaction de condensation on obtient une molécule à 4C puisque on élimine un CO2, pourquoi on ferait pas 5 tours pour arrivé jusqu'à 16 C donc avoir 5 malonyl Coa ?
 Et le NAPH,H+ il sort d'où ? (désolée...)

Bonne nuit 

[Ella]

Salut Ella !

Déjà merciiiiiiii beaucoup beaucoup beaucoup ! J'ai compris les grandes lignes, mais m'en veux pas hein, mais je comprends pas pourquoi on utilise 7 malonylCoa et 1 Acetyl Coa ?
Parce que après la réaction de condensation on obtient une molécule à 4C puisque on élimine un CO2, pourquoi on ferait pas 5 tours pour arrivé jusqu'à 16 C donc avoir 5 malonyl Coa ?
 Et le NAPH,H+ il sort d'où ? (désolée...)

Bonne nuit 

Je marche un peu sur des œufs pour t'expliquer ça mais en réalité, le malonyl CoA a pour précurseur l'acétyl CoA comme tu l'as vu et pour une raison que je saurais pas t'expliquer (mes collègues sauront peut être <3) il me semble qu'on ajoute en réalité seulement deux carbones à chaque fois ce qui nous fait retomber sur 14 (7 x 2) soit de l'acétyl CoA.
Le NADPH je peux pas trop te dire d'où il vient. Mais c'est juste un NADH avec un phosphate !
Ça te va comme réponse ? 

 

[Microoobe]

Oui c'est niquel, merci beaucoup Ella!

Dors bien 

[Choou]

Merci beaucoup Ella pour ta réponse 
Mais le truc c'est que le prof a bien dit ça... J'ai réécouté mon dictaphone et en plus sur le cours d'une copine qui date de l'année dernière je crois il y avait écrit ça aussi donc je ne sais pas trop quoi considérer
Plein de bisous 

[Grimal]

Crocodilebisounours :"Pour ce qui est du succinyl-CoA, il peut par la suite être réutilisé dans de nombreux processus métaboliques (par contre il ne donnera pas 2 Acétyl-CoA, il n'a que trois C de toutes façons), je pense notamment au métabolisme des AA pour les AA glucoformateurs (peut être que le Pr Moussard vous en parlera cette année, je ne sais pas, mais le Pr Cypriani le faisait  )." 

dans la réaction "LpLyse 6", le propionyl-CoA (3C) subit une carboxylation et abouti au succinyl-Coa à 4C. C'est justement car il a 4 carbones que je posais cette question, mais du coup, il ne donne qd même pas 2 Acétyl-Coa ou pas ? 
Sinon merci pour tes réponses 

[Grimal]

Re ! 
j'ai une autre question, je revoyais (encore) les AG, et dans mon cours j'ai écrit à un endroit que la synthèse était dans le cytoplasme et à un autre que il s'effectuait dans la mitochondrie (donc j'ai réécouté et cypri a bien dit ces 2 choses différentes à 2h différentes), donc je voulais savoir laquelle était correcte svp.
Voilà merci d'avance 

[crocodilebisounours]

Bonsoir les choux !

Crocodilebisounours :"Pour ce qui est du succinyl-CoA, il peut par la suite être réutilisé dans de nombreux processus métaboliques (par contre il ne donnera pas 2 Acétyl-CoA, il n'a que trois C de toutes façons), je pense notamment au métabolisme des AA pour les AA glucoformateurs (peut être que le Pr Moussard vous en parlera cette année, je ne sais pas, mais le Pr Cypriani le faisait  )." 

dans la réaction "LpLyse 6", le propionyl-CoA (3C) subit une carboxylation et abouti au succinyl-Coa à 4C. C'est justement car il a 4 carbones que je posais cette question, mais du coup, il ne donne qd même pas 2 Acétyl-Coa ou pas ? 
Sinon merci pour tes réponses 

Alors autant pour moi, j'ai été trop vite. Je voulais dire que l'oxydation des AG à nb impair de C mène à du propionyl-CoA (qui lui a 3C), qui va ensuite être transformé en succinyl-CoA, et j'avais noté dans mon cours que celui-ci était utilisé ensuite dans le cycle de K (entre autre chose, comme la synthèse des AA glucoformateurs, etc...), mais non ce ne sera pas dégradé en deux Acétyl-CoA, les AG à nb impair sont justement l'exception.

Re ! 
j'ai une autre question, je revoyais (encore) les AG, et dans mon cours j'ai écrit à un endroit que la synthèse était dans le cytoplasme et à un autre que il s'effectuait dans la mitochondrie (donc j'ai réécouté et cypri a bien dit ces 2 choses différentes à 2h différentes), donc je voulais savoir laquelle était correcte svp.
Voilà merci d'avance 

Alors moi j'ai noté que la béta-oxydation s'effectue dans la mitochondrie alors que la synthèse des AG s'effectue dans le cytoplasme 

Bonne soirée les choux 

[azerty]

Bonjour,

J'ai encore et toujours un problème avec les modes de la voie des pentoses P même en ayant regardé les autres posts. Je ne comprends pas dans le mode 3 comment un ribose 5P peut donner a la fois un F6P et un GALd3P si il n'est pas en contact avec un érythrose
Merci

[Pirouette]

Bonsoir,

Pourriez vous m'aider à cette question svp ?
A propos du bilan de la glycogénogenèse, j'ai écris qu'un glucose produit 32 ATP mais que si l'on part d'un glucose 6P on produit 33 ATP, cependant je n'arrive pas à trouver d'où vient ce 33ème ATP, pourriez-vous m'éclairer svp ? :)

Merci !!! 
Bonne soirée.

[crocodilebisounours]

Coucou les loulous !

Bonjour,

J'ai encore et toujours un problème avec les modes de la voie des pentoses P même en ayant regardé les autres posts. Je ne comprends pas dans le mode 3 comment un ribose 5P peut donner a la fois un F6P et un GALd3P si il n'est pas en contact avec un érythrose
Merci

Alors, j'espère que mes post précédants t'ont aidé à comprendre le mode 1, maintenant je vais essayer de t'expliquer le mode 3, tu verras ce n'est pas compliqué.
Là ou tu fais erreur, c'est qu'on te dit que l'on va produire du F6P et du GA3P à partir de ribulose 5P, mais on ne te dit pas qu'on va le faire à partir d'1 ribulose 5P, il en faut plusieurs !. Je m'explique : en fait ce mode utilise toute la voie des pentoses phosphates du début à la fin, et permet la production de NADPH, H+. Je vais essayer de t'expliquer en même temps comment on parvient au bilan final.
Je te conseille maintenant de reprendre ton schéma bilan de la voie des pentoses P et de suivre avec moi.
Donc tu pars de molécules de G6P, que tu pourras transformer en xylulose5P ou en ribose5P selon les besoins. Ici nous aurons besoin de 3 molécules de G6P :
Donc on prend nos deux premiers G6P et on en fait du xylulose5P et du ribose5P, que l'on condense ensemble, jusque là tout va bien. Ensuite on continue l'enchainement des réactions jusqu'à ce que l'on arrive à l'obtention d'un F6P et d'un erythrose4P. On garde notre F6P de côté, et on va additionner à notre erythrose4P un xylulose5P (que l'on obtient à partir de notre troisième G6P, tu me suis jusque là ?  ). Et donc on obtient un F6P et un GA3P
Donc si on résume, en partant de G6P, on a comme bilan (bilan que l'on va améliorer après) :

3 G6P + 6 NADP  --> 2F6P + GA3P + 6 NADPH,H+  + 3 CO2   (les NADPH, H+ venant de la transformation de nos 3G6P en ribulose5P)

Maintenant on multiplie tout par deux : 6 G6P + 12 NADPH --> 4F6P + 2 GA3P + 12 NAPDH, H+ + 6 CO2

Ensuite on va faire quelques simplifications :
- on peut dire que 2 GA3P sont équivalents à 1 F6P (par la voie de la néoglucogénèse)
- on peut aussi dire que que le F6P est un équivalent du G6P (il est facile de passer de l'un à l'autre)
=> donc tu transformes tes deux GA3P en F6P, tu as donc 5F6P équivalents à 5G6P

Donc on obtient : 6 G6P + 12 NADPH --> 5G6P + 12 NADPH,H+  + 6 CO2

Tu peux enlever 5 G6P de chaque côté et tu as un bilan final qui ressemble à ça  :

G6P + NADPH (+7 H20) --> 12 NAPH,H+  + 6 CO2 (+Pi)

Je ne saurais t'expliquer le 7 H2O mais je ne crois pas que ce soit essentiel (peut être à cause de la néoglucogénèse ?), par contre le Pi vient du fait que dans notre bilan le G6P est phosphorylé, donc si tu veux que ton bilan soit équilibré il faut rajouter le Pi (je ne l'ai pas mis dans les étapes du dessus, mais ce n'est pas très grave je pense).

Voilà voilà, j'espère que tu as compris avec mon explication pavé 

[crocodilebisounours]

Bonsoir,

Pourriez vous m'aider à cette question svp ?
A propos du bilan de la glycogénogenèse, j'ai écris qu'un glucose produit 32 ATP mais que si l'on part d'un glucose 6P on produit 33 ATP, cependant je n'arrive pas à trouver d'où vient ce 33ème ATP, pourriez-vous m'éclairer svp ? :)

Merci !!! 
Bonne soirée.

Alors tout d'abord ici nous ne sommes pas vraiment dans le bilan de la glycogénogenèse, c'est plus pour voir quel rendement on peut obtenir après stockage/déstockage de la molécule de glycogène, pour voir si dans le processus on ne perd pas trop d'énergie.
C'est vraiment tout simple, tu as même mis la réponse dans ta question  Regarde, quand on te parle de 32 ou 33 ATP, ça correspond à la production totale d'énergie à partir du glucose avec la glycolyse, le cycle de K et la chaine respiratoire mitochondriale.
Or dans la glycolyse on a consommation de 2 ATP et productions de 4 ATP si on part d'une molécule de glucose toute simple. Dans ces deux ATP consommés, il a l'ATP nécessaire à la phosphorylation du glucose en G6P, donc si tu pars du G6P directement, cette étape saute, et donc tu n'as plus qu'un seul ATP qui est consommé au cours de la glycolyse, ce qui fait qu'on a production de 3 ATP et non pas seulement 2. Et ceci explique le 32 et le 33 ATP, j'ai été assez claire ? 

Pleins de bisous mes loulous 
coeurs, licornes et arc-en-ciel <3

[Chloé P]

Bonjour j'ai une question qui me perturbe, en biochimie métabolique est ce que c'est possible au concours  d'avoir des questions du type "ceci correspond à l'oxaloacetate" par exemple, parce qu'autant apprendre le cours ca va mais les formules...

[azerty]

Bonjour,

J'ai une question concernant le sujet n°6 de l'UE1 question 17. La proposition D est considéré comme vrai alors que dans le Moussard il y a écrit je cite 'Chaque fourche de réplication est donc asymétrique' (p272). Je ne comprends donc pas pourquoi la proposition D est juste.

Merci

[Ma']

Bonjour, bonjour,
En ce jour meveilleux de REPOS  , je reprends mes cours sur la chaine respiratoire mitochondriale et je ne comprends pas le bilan des différentes voies notemment le fait que 1 NADH permet la formation de 2,5 ATP.

Je ne vois pas comment le NADH qui permet le passage de protons vers l'espace intermembranaire, puisse également donner les 10 protons nécessaires à la formation d'ATP dans la matrice, puisqu'il n'y a qu'un seul proton qui arrive par la phosphate translocase.

Il y a bien 10 protons dans l'espace intermembranaire mais 1 seul dans la matrice dans le schéma donné...

[Pirouette]

Merci CrocodileBisounours !! J'ai compris !!
Bonne journée :)